1.猩紅熱性咽炎
亦為溶血性鏈球菌感染,有發熱及全身皮疹。其咽部表現不易區別,但其皮疹具有特殊性。自發病第2日起發生紅色斑點狀皮疹,自頸部迅速蔓延至驅干及四肢,面部潮紅,口周蒼白。病初有“草莓舌”,發病后3～4日則呈“楊莓舌”。恢復期皮疹消退,可有顯著脫屑現象。
2.潰瘍膜性咽峽炎（奮森性咽峽炎）
咽部及全身癥狀均輕,一側扁桃體或咽部有潰爛面,口腔黏膜及牙齦可發生潰瘍,涂片可查到奮森氏螺旋體及梭狀桿菌。
3.咽白喉
咽黏膜充血輕,有灰白色假膜形成,覆于咽壁及扁桃體上,粘連較密,不易擦去,免強擦去,則見滲血。咽黏膜培養及涂片可檢出白喉桿菌。
4.腺病毒卡他性咽炎
常伴有眼結膜炎,即所謂咽結膜熱,培養無細菌生長,臨床癥狀較輕。
5.粒細胞缺乏癥
咽部黏膜呈紫紅色,扁桃體表面常有潰瘍,全身情況差,扁桃體周圍無化膿現象,根據病史血液檢驗可資鑒別。