肝膿腫需手術引流者一般8cm，穿刺易傷及鄰近器官者；膿腫穿破入腹腔或鄰近內臟而引流不暢者；膿腫中有繼發細菌感染，藥物治療不能控制者；多發性膿腫，使穿刺引流困難或失敗者；左葉肝膿腫，易向心包穿破，穿刺易污染腹腔者，也應考慮手術。
肝膿腫的治愈標準尚不一致，一般以癥狀及體征消失為臨床治愈。肝膿腫的充盈缺損大多在6個月內完全吸收，少數可持續至1年，病灶較大者可殘留肝囊腫。血沉也可作為參考指標。
