下列口服及靜脈注射給藥之建議劑量只是概略指標，本藥的實際劑量應依據個別病人的需要而加以調整，建議劑量只有起始劑量，因此治療過程中應藉由臨床判斷并輔以他克莫司血中濃度的監測以調整劑量。口服給藥每日劑量分兩次投予。最好是在空腹或至少進食前1h或進食后2-3h服用膠囊，以達到最大吸收量。口服膠囊時，通常須連續服用以抑制移植排斥作用。并沒有治療期間的限制。靜脈注射給藥輸注用濃縮液必須在聚乙烯或玻璃瓶中用5%葡萄糖注射或者生理食鹽水稀釋。所形成的最終輸注用溶液的濃度必須在0.004-0.1mg/mL范圍間。24h內輸注20-250mL。此溶液不可以一次全量快速注釋給藥。當患者的狀況允許時，應盡快將靜脈注射療法改為口服療法。靜脈注射療法不應該連續超過7天。首次免疫抑制劑量 -成人肝臟移植者為0.1-0.2mg/kg/天，腎臟移植患者為0.15-0.3mg/kg/天，分2次口服。應該在肝臟移植手術后約6hr以及腎臟移植手術24h內開始給藥。如果病患的臨床狀況不適于口服給藥，則應該給予連續24hr的靜脈輸注他克莫司治療。起始靜脈注射劑量對肝臟移植患者為0.01-0.05mg/kg/天，而對腎臟移植患者為0.05-0.1mg/kg/天。首次免疫抑制劑量 -兒童兒童病患通常需要成人建議劑量的1.5-2倍，才能達到相同的治療血濃度。肝臟及腎臟移植：0.3mg/kg/天，分2次口服。如果不能口服給藥時，應該給予連續24h的靜脈輸注，對肝臟移植的兒童為0.05mg/kg/天，而對腎臟移植的兒童為0.1mg/kg/天。維持治療需要口服本藥來達到連續免疫抑制作用以維持移植物的生存。在維持治療中常可減低劑量。主要是根據各病患個體對于排斥及耐受性的臨床評估而調整。在病患手術后的恢復期，本藥的藥物動力學可能會改變，因此需要調整本藥的劑量。如果疾病發生變化（例如產生排斥現象），必須考慮更換免疫抑制療法。增加激素、使用短期的單株/多株抗體以及增加本藥的劑量都曾被用來控制排斥發作。如果有中毒征兆（例如明顯的不良反應）出現，必須降低本藥的劑量。當本藥和激素合用時，激素用量通常可以減低，且在少數病例中可以持續地進行單一治療法。對傳統免疫抑制治療無效如果病患以傳本藥的治療應該以該特定移植中首次免疫抑制所建議的初始劑量來開始給藥。同時給予環孢素及本藥可能會延長環孢素的半衰期，并且產生毒性作用。應該在考慮環孢素的血濃度以及病患的臨床狀況后，方可開始使用本藥治療。實際上，通常是在停止給予環孢素后12-24h才開始使用本藥。由于環孢素后的清除率可能會受影響，所以在換藥后應該監測環孢素的血藥濃度。特殊病人肝功能不全之病患；對于手術前或手術后功能不全，如最初移植功能不良的病患可能需要減低劑量。腎功能不全之病患：由于他克莫司的腎清除率很低，所以依據藥物動力學的原則是不需要調整劑量。但是由于其潛在腎毒性，所以建議小心監測包括血肌酐、肌酐清除率的計算及排尿量等腎功能。本藥的血中濃度不因透析而降低。老年病患有限的經驗顯示其劑量應同成年患者。