溶酶體中酸性水解酶的合成，象其它蛋白質的生物合成過程一樣，是由基因決定的，當基因突變引起酶蛋白合成障阻時，可造成溶酶體酶缺乏。機體由于基因缺陷，可使溶酶體中缺少某種水解酶，致使相應作用物不能降解而積蓄在溶酶體中，造成細胞代謝障阻，形成溶酶體貯積病。其主要的病理表現為有關臟器(肝、腎、心肌、骨骼肌)中溶酶體過載，即細胞攝入過多或不能消化的物質，或因溶酶體酶活性降低，以及機體的年齡增長，從而在細胞內出現大量溶酶體蓄積造成過載。目前已知這類疾病達40余種，國內可檢測的有30多種（見詞條：溶酶體貯積癥）。其中糖原貯積病Ⅱ型是最早被發現的。由于在肝細胞常染色體上的一個基因缺陷，使溶酶體內缺乏α-葡萄糖苷酶，導致糖原無法降解為葡萄糖，而造成糖原在肝臟和肌肉大量積蓄。此病多發生于嬰兒。臨床表現為肌無力，心臟增大，進行性心力衰竭，多于兩周歲以前死亡，故此病又稱為心臟型糖原沉著病。