在所有型別肉毒毒素中，A型肉毒毒素是已知天然毒素和化學毒劑中毒性最強的毒性物質，小鼠腹腔注射的LDs。為0.001ug/kg，其毒性是有機磷神經毒劑VX（小鼠LDso，15μg/kg）的1.5萬倍和沙林（小鼠LDso，100μg/kg）的10萬倍13.14。1g結晶的A型肉毒毒素可以殺死100萬人和2000億只小鼠12。在實驗動物的敏感性上，兔、豚鼠對肉毒毒素的毒性最為敏感，猴、小鼠次之，貓最不敏感。關于肉毒毒素對人的致死劑量還沒有科學的試驗數據，僅有根據靈長類動物致死試驗的推算結果。該毒素對成年人的致死劑量因途徑而異。一般估計為：靜脈或肌肉注射的致死劑量0.09~0.15μg，吸入的致死劑量0.70~1.0μg，口服的致死劑量70μg。其中以注射途徑最為敏感，氣溶膠吸入次之，消化道攝入最差。肉毒毒素本身無皮膚滲透毒性，也無傳染性。