皮膚炭疽須與癰、蜂窩織炎、恙蟲病的焦痂、兔熱病的潰瘍等相鑒別。肺炭疽需與各種肺炎、肺鼠疫相鑒別。腸炭疽需與急性菌痢及急腹癥相鑒別。腦膜炎型炭疽和敗血癥型炭疽應與各種腦膜炎、蛛網膜下腔出血和敗血癥相鑒別。