經過抗體測定的陽性孔，可以擴大培養，進行克隆，以得到單個細胞的后代分泌單克隆抗體。克隆的時間一般說來越早越好。因為在這個時期各種雜交瘤細胞同時旺盛生長，互相爭奪營養和空間，而產生指定抗體的細胞有被淹沒和淘汰的可能。但克隆時間也不宜太早，太早細胞性狀不穩定，數量少也易丟失。克隆化的陽性雜交瘤細胞，經過一段時期培養之后，也還會因為細胞突變或特定染色體的丟失，使部分細胞喪失產生抗體的能力，所以需要再次或多次克隆化培養。克隆化次數的多少由分泌能力強弱和抗原的免疫性強弱而決定。一般說，免疫性強的抗原克隆次數可少一些，但至少要3～5次克隆才能穩定。克隆化的方法很多，包括有限稀釋法、顯微操作法、軟瓊脂平板法及熒光激活分離法等。
