真核生物的轉錄終止，是和這類轉錄后修飾密切相關的。真核mRNA3’端在轉錄后發生修飾，加上多聚腺苷酸(polyA)的尾巴結構。大多數真核生物基因末端有一段AATAAA共同序列，再下游還有一段富含GT序列，這些序列稱為轉錄終止的修飾點。
真核RNA轉錄終止點在越過修飾點延伸很長序列之后，在特異的內切核酸酶作用下從修飾點處切除mRNA，隨即加入polyA尾巴及5’-帽子結構。余下的繼續轉錄的一段核苷酸序列，但因無帽子結構的保護作用，很快被RNA酶所降解。
