如蛋白質鑒定結果、蛋白質的亞細胞定位、蛋白質在不同條件下的表達水平等信息。目前應用最普遍的數據庫是NRDB和dbEST 數據庫。
NRDB由SWISS2PROT 和GENPETP 等幾個數據庫組成,dbEST是由美國國家生物技術信息中心(NCBI)和歐洲生物信息學研究所(EBI)共同編輯的核酸數據庫;計算機分析軟件主要有蛋白質雙向電泳圖譜分析軟件、蛋白質鑒定軟件、蛋白質結構和功能預測軟件等。