SSR 標記具有高度重復性、豐富的多態性、共顯性、高度可靠性等優點,但由于其需要對所研究物種的一系列微衛星位點進行克隆和測序分析,以便設計相應的引物,這是非常費時、費力和代價昂貴的工作,沒有足夠的投資、人力和時間,是不可能實現的,因而給它的利用帶來了一定困難。