多態性和保守性
衛星DNA具有多態性和保守性，衛星位點由微衛星的核心序列與其兩側的側翼序列構成，側翼序列使某一衛星特異地定位于染色體的某一部位，而衛星本身的重復單位變異則是形成微衛星多態性的基礎。在某一個體基因組中兩條同源染色體的相對（側翼序列相同）位置上如兩側翼序列間所包含的衛星重復單位數相同與不同，則分別表現為純合基因型和雜合基因型。衛星DNA的保守性表現在哺乳動物之間，特別是一些緊密相關的物種如牛與羊、馬屬動物之間以及雞與火雞之間具有一定程度的保守性。Moore等（1995）用牛的衛星引物分別在羊、馬及人的基因組中進行擴增發現，在羊中56%的引物可擴增出特異產物，其中42%的擴增產物表現出多態性；而在馬及人中未擴增出多態產物。Levin等（1995）用48個雞微衛星位點的引物，以火雞的基因組DNA進行擴增發現：92%的引物可擴增出產物，33%的擴增產物經鑒定是與雞同樣的微衛星，其中28%的產物表現出多態性。由于衛星DNA引物在物種間的通用性，使得物種如牛、綿羊、山羊之間引物的互用成為可能。Gortari等（1997）研究表明；58%的牛引物可以在綿羊中擴增出特異產物且40%的擴增產物表現出多態性。Vaiman等（1996）的研究同樣表明34%的牛引物以及綿羊引物在山羊中呈多態且其發表的第一個公山羊遺傳圖譜中的219衛星標記中，有45個來自綿羊衛星，164個來自牛衛星。Schibler等（1998）在人的遺傳圖譜中尋找到了43個牛和綿羊的衛星及34個山羊衛星。許多研究結果表明反芻動物中的牛、綿羊和山羊3個物種在染色體水平上具有高度的相關性，因此，可用牛的衛星標記引物來構建綿羊或山羊的遺傳基因圖譜。
高度靈敏性和高度特異性
衛星DNAPCR擴增的高度靈敏性、高度特異性使得微衛星的檢測十分方便而且準確。傳統的方法是將PCR產物在非變性或變性聚丙烯酰胺凝膠中電泳進行基因分型。對于熒光素、同位素或生物標記的引物，可以采用其相應的顯示方法，而對不帶標記的引物可以銀染后觀察結果。熒光標記自動測序技術的發展使得微衛星DNA的基因分型變得快速、準確，從而大大地提高了微衛星標記分型效率和準確率，同時節約了實驗成本和時間，使得應用微衛星進行了大規模基因組掃描成為可能。
