與其它標記技術相比，具有以下特點：
首先，在每個微衛星DNA 兩端的序列多是相對保守的單拷貝序列，尤其在親緣關系相近的物種間是保守的，而且在一些緊密相關的物種中其重復單位和重復次數具有一定的相似性。
其次，這些小的、串聯排列的重復序列經常是通過核苷酸鏈的滑動錯配或者其它未知的過程來改變它們的長度,從而導致微衛星在數量上的差異。微衛星的突變率高:每代每個配子的每個位點有25×10-5～1×10-2 突變,因此造成了它們的多態性。微衛星寡聚核苷酸的重復次數在同一物種的不同基因型間差異很大。微衛星通常是復等位的，代表每個微衛星位點的等位基因數目高度可變。微衛星DNA 的多態性比RFLP 顯著增高，Russell 等對幾種分子生物學方法(RFLP，AFLP，RAPD，SSR)進行了比較，分別檢測18 個大麥品系的遺傳多樣性水平的變化情況，發現所有這些方法都能鑒別每一個品系，但各自反映的多態性程度不同。其中利用微衛星標記的13 對引物產物全部呈多態，平均每一對引物有5.7個等位基因。
AFLP、RFLP 與RAPD 多態性片段分別為36.4%、83.2%和66.3%。進一步研究還發現，微衛星DNA 是中性的，微衛星DNA 標記呈共顯性的孟德爾式遺傳，能夠鑒別雜合體，對隱性性狀的選擇十分有利，而且SSR 標記沒有上位性效應，不受環境條件和其它因素的影響，表現為中性標記。與其它形態標記相比，具有極顯著的優越性，且對植株的表現無影響。它具有比其它分子標記(如等位酶、RFLP、RAPD 等)更多的可檢測等位基因，能夠提供更細致的基因變化分析范圍。