利用不同組織、細胞或不同狀態下組織、細胞基因表達的差異性，并結合核酸雜交建立的克隆差異表達基因的技術。一般是將一種細胞的互補DNA(cDNA)或信使核糖核酸(mRNA)與第二種細胞cDNA或mRNA相互雜交，其不被雜交的部分就代表了兩種細胞基因表達的差異，可用于差異表達基因的克隆。差示篩選、消減探針、消減文庫的建立等都是該技術的具體實施。
