DNA微陣列技術最突出的特點就是可一次性檢測多種樣品，獲得多種基因的差別表達圖譜，已成功地運用cDNA微陣列同時檢測l萬多個基因的表達。因此，DNA微陣列是對不同材料中的多個基因表達模式進行平行對比分析的一種高產出的、新的基因分析方法。與傳統研究基因差異表達的方法相比，它具有微型化、快速、準確、靈敏度高，以及在同一芯片上同時大信息量平行檢測的優勢。
DNA微陣列技術在基因表達圖譜的繪制、尋找目的基因和功能基因等研究方面已取得了顯著的成績。但其不足之處在于所點樣的序列并不都是試驗需要檢測的，且試驗所需要的分析儀器比較復雜。
另外，DNA微陣列技術在分析低豐度轉錄體方面比較有限，要確保某種低豐度轉錄體包含于DNA微陣列上，需挑選非常大量的克隆進行擴增點樣.