發展起來的各種雙雜交系統大多是以Fields等人建立的系統為基礎的。這些新系統主要對報道基因、“誘餌”表達載體以及“獵物”表達載體等做了一些改進。其中一個重要改進是引入額外的報道基因，如廣泛采用的HIS3基因。經過改造帶有HIS3報道基因的酵母細胞，只有當HIS3被啟動表達才能在缺乏組氨酸的選擇性培養基上生長。HIS3報道基因的轉錄表達是由“誘餌”和“獵物”的相互作用所啟動的。大多數雙雜交系統往往同時使用兩個甚至三個報道基因，其中之一是 LacZ。這些改造后的基因在啟動子區有相同的轉錄激活因子結合位點，因此可以被相同的轉錄激活因子（如上述的Gal4蛋白）激活。通過這種雙重或多重選擇既提高了檢測靈敏度又減少了假陽性現象。其他還有針對“誘餌”或“獵物”表達載體等所作的改進，這里不一一詳述。
在雙雜交鑒定過程中要經過兩次轉化，這個工作量是相當大的，特別是尋找新的作用蛋白質的時候尤其如此。而且，酵母細胞的轉化效率比細菌要低約4個數量級。因此轉化步驟就成為雙雜交技術的瓶頸。Bendixen等人通過酵母接合型的引用，避免了兩次轉化操作，同時又提高了雙雜交的效率。在酵母的有性生殖過程中涉及到兩種配合類型：a接合型和α接合型，這兩種單倍體之間接合（mating）能形成二倍體，但a接合型細胞之間或α接合型細胞之間不能接合形成二倍體。根據酵母有性生殖的這一特點，他們將文庫質粒轉化α接合型酵母細胞，“誘餌”表達載體轉化a接合型細胞。然后分別鋪篩選平板使細胞長成菌苔（lawn），再將兩種菌苔復印到同一個三重篩選平板上，原則上只有誘餌和靶蛋白發生了相互作用的二倍體細胞才能在此平板上生長。單倍體細胞或雖然是二倍體細胞但BD融合蛋白和AD融合蛋白不相互作用的都被淘汰。長出來的克隆進一步通過β-半乳糖苷酶活力進行鑒定。這項改進不僅簡化了實驗操作，而且也提高了雙雜交的篩選效率。