利用微生物的某種表面結構成分（抗原）制成不含有核酸、能誘發機體產生抗體的疫苗，稱為亞單位疫苗 。
在大分子抗原攜帶的多種特異性的抗原決定簇中，只有少量抗原部位對保護性免疫應答起作用。通過化學分解或有控制性的蛋白質水解方法，提取細菌、病毒的特殊蛋白質結構，篩選出的具有免疫活性的片段制成的疫苗，稱為亞單位疫苗。
亞單位疫苗僅有幾種主要表面蛋白質，避免產生許多無關抗原誘發的抗體，從而減少疫苗的副反應和疫苗引起的相關疾病。
亞單位疫苗的不足之處是免疫原性較低，需與佐劑合用才能產生好的免疫效果。
20世紀70和80年代，在裂解疫苗的基礎上，又研制出了毒粒亞單位和表面抗原（HA和NA）疫苗。通過選擇合適的裂解劑和裂解條件，將流感病毒膜蛋白HA和NA裂解下來，選用適當的純化方法得到純化的HA和NA蛋白。亞單3月10日，中國科學院微生物研究所與合作企業聯合研發的重組新型冠狀病毒疫苗（CHO細胞）在中國國內緊急使用獲得批準，成為國內第四款獲批緊急使用的新冠病毒疫苗，也是國際上第一個獲批臨床使用的新冠病毒重組亞單位蛋白疫苗。英國在臨床疫苗試用中，證實了免疫效果與裂解疫苗相同，并可用于兒童。1980年英國首次批準使用，而后擴展到其它國家。