先天性弓形蟲病的預后的較嚴重，無論有無癥狀，都必須治療。后天性感染凡有癥狀者也都需要治療。弓形蟲眼病患者應同時加用腎上腺皮質激素治療。
目前有一定療效的藥物有三種：
1、磺胺嘧啶和乙胺嘧啶并用
急性期可合并應用。磺胺嘧啶50～150mg/kg·d，分4次口服，乙胺嘧啶1mg/kg·d，分2次口服，經2～4天后將劑量減半，每天最大劑量不超過25mg。兩種藥合用療程約2～4周。乙胺嘧啶排泄極慢，易引起中毒，發生葉酸缺乏及骨髓造血抑制現象，故用藥時給葉酸5mg口服，每天3次，或醛氫葉酸5mg肌注，每周2次，并可給酵母片口服以減少毒性反應。
2、螺旋霉素（Spiravngcin）
有抗弓形蟲作用，且能通過胎盤，孕婦每天口服3g，臍帶血中濃度高出3～5倍。有認為應用螺旋霉素可使胎兒先天感染減少50%～70%。本藥對胎兒無不良影響，適用于妊娠期治療。治療方法常與磺胺嘧啶和乙胺嘧啶交替使用，20～30天為一療程。先天性弓形蟲病需用乙胺嘧啶-磺胺嘧啶2～4個療程，每療程間隔期為一個月，這時公用螺旋霉素治療，劑量為100mg/kg·d，1歲以后可停止用藥，待有急性發作時再重復治療。
3、復方新諾明
近來有報道復方新諾明對細胞內弓形蟲特別有效，并容易通過胎盤，對胎兒弓形蟲感染的療效優于螺旋霉素。對人體霉性明顯低于乙胺嘧啶-磺胺類。
弓形蟲脈絡膜炎應先用乙胺嘧啶-磺胺嘧啶20～30天，然后用螺旋霉素加用皮質激素強的松治療1～2mg/kg·d，直至炎癥病變吸收，逐漸減量至停藥，以免發生臨床反跳現象。