1.PCR技術檢測
對腦脊液（CSF）、糞便以及其他活組織中的Troph2eryma whippelii菌檢測的陽性率達100%,與其他方法相比更具特異性和敏感性,是CNS病變者確診的金標準。
2.小腸鏡檢
空腸是最常見的取材部位。小腸鏡下可見到小腸黏膜腫脹、蒼白或散在黃色斑塊及糜爛灶；光鏡下可見到黏膜固有層有PAS染色陽性的巨噬細胞浸潤及淋巴管擴張。
3.電鏡檢查
電鏡下可見到巨噬細胞內有桿狀菌,其有3層膜,約（1～2）μm×0.12μm大小,即Whippelii菌。
4.其他
磁共振波譜學顯示N-乙酰天冬氨酸和肌酸減少、膽堿增加。腦CT、MRI檢查顯示腦萎縮、廣泛腦損害、局灶性異常以及腦水腫,但均無特異性。腹部超聲、小腸鋇劑造影均可顯示一些病變部位,還可指導活檢取材。部分Whipple病患者血沉輕度增快。部分患者還可見血小板增多。