病原菌侵入機體后主要停留在宿主細胞內者，稱為胞內菌感染.例如結核桿菌、麻風桿菌、布氏桿菌、沙門氏菌、李斯特菌、軍團菌等，這些細菌可抵抗吞噬細胞的殺菌作用，宿主對胞內菌主要靠細胞免疫發揮防御功能。參與細胞免疫的T細胞主要是TD(CD4+）細胞和TC(CD8+）細胞。此外，分布在粘膜、皮下組織和小腸絨毛上皮間數量眾多的淋巴細胞稱為上皮細胞間淋巴細胞，IEL中95%為T細胞。在特定條件下感染機體發生的特異性免疫應答亦可造成免疫性病理損傷。
