至少有1/2受衣原體眼炎感染的新生兒同時有鼻咽部感染，部分新生兒發生衣原體肺炎，因此全身性治療是最佳選擇.推薦使用琥乙酯紅霉素50mg/(kg.d），分成每6小時或每8小時用1次，共治療2周.
淋球菌眼病患兒應住院治療，給予肌注頭孢三嗪25~50mg/kg；單次最大劑量為125mg（也可使用100mg/kg).用生理鹽水反復沖洗眼睛可防止分泌物粘附.單獨使用表層抗微生物軟膏是不夠的.如果全身已用抗生素，局部可不再用藥.
其他細菌引起的結膜炎通常對含有多粘菌素加桿菌肽，紅霉素，四環素的表層眼膏是有作用的.
皰疹性角膜結膜炎的治療方案是全身性用阿昔洛韋（每日30mg/kg，分3次，共用14~21日；早產兒每日用20mg/kg，分2次）和局部用三氟胸苷眼藥水或軟膏或3%阿糖腺苷軟膏，在嬰兒醒時每2~3小時用1次，并在睡眠時聯合使用碘苷軟膏.對新生兒全身性治療是必要的，因為感染可播及中樞神經系統和其他器官.
由于軟膏中含有皮質類固醇，可使沙眼衣原體和單純皰疹病毒引起的眼睛嚴重感染惡化，應避免使用這種軟膏.
