第一種是自天然芋螺毒管中直接提取，此方法獲取量非常少，且由于海洋生態的破壞使得野生芋螺數量急劇減少，該法會進一步加劇芋螺資源惡化，因此靠分離提取獲得大量的芋螺毒素用于研究和生產并不現實，但提取到的少量天然毒液可通過一系列儀器分析手段得到單個毒素肽的氨基酸序列，再根據所得序列人工合成這些肽，可進一步用于活性測試和結構分析。
第二種是基因工程方法，即將芋螺毒素的基因轉化到微生物中使其表達，后期再進行分離純化。由于部分芋螺毒素的N端為Cys，酰胺化C端，加之原核表達系統無法加工去除N-端信號肽序列，無法解決酰胺化C端問題，且芋螺毒素分子小，堿性氨基酸較多，難于形成特定活性構象，使得分離純化較為困難。但隨著基因工程技術的日新月異，用芋螺毒素成熟肽基因，加接原核或真核生物的信號肽，或同時轉入酰胺化酶基因，可望生產出大量廉價的重組芋螺毒素。