至今尚未完全清楚。在發病機理上一般認為與免疫、感染及遺傳有關。幼年型類風濕性關節炎似屬于第Ⅲ型變態反應，造成結締組織損傷。可能由于微生物（細菌、支原體、病毒等）感染持續地刺激機體產生免疫球蛋白，血清IgA，IgM，IgG增高。部份病人抗核抗體滴度升高。病人血清中存在類風濕因子，它是一種巨球蛋白，即沉淀系數為19S的IgM，能與變性的IgG相互反應，形成免疫復合物，沉積于關節滑膜或血管壁，通過補體系統的激活，和粒細胞、大單核細胞溶酶體的釋放，引起炎體組織損傷。患者血清及關節滑膜中補體水平下降，IgM、IgG及免疫復合物增高，提示本病為一免疫復合物疾病。另外尚有細胞免疫失衡。外周血中單個核細胞中B淋巴細胞增多；白細胞介素IL-1增多，而IL-2減少。也參與發病機理。
今年來發現少關節炎型病兒中與組織相容性抗原HLAB27相關，認為染色體基因遺傳起一定作用。