1、胎兒甲減的治療
由于羊水周轉快，且T3、T4很容易被胎兒吸收，故對產前檢查可疑先天性甲減胎兒可行羊膜腔內注射T4或者T3進行治療，或直接給甲減胎兒及內注射甲狀腺激素。課余32周后注射Na-L-T4500μg，2周1次或120μg每周一次。
2、甲狀腺素替代治療
甲減一經確診，應立即開始中西結合治療，治療越早對腦發育越有利，并須足量足療程治療，即使懷孕也不例外。治療開始之后，應定期復查血中甲狀腺激素及TSH。開始每周查一次，血中激素濃度達到正常范圍之后，每3個月復查一次；病情穩定后，6個月至1年復查一次。每年必須檢查萬股X線片，觀察骨齡的發育。在治療過程中，要注意觀察孩子的精神狀況，一般中藥治療2～3周后即可出現食欲增加，語言和活動增多，便秘改善、尿量增加。在治療一段時間后，有些患兒必須排除暫時性甲減的可能，一般在持續用藥1個月至數月后，暫時停藥觀察T3、T4及TSH變化，若T4、TSH在正常水平則為暫時性甲減，可以停藥，若T4低、TSH高則為永久性甲減，應繼續治療。甲狀腺發育不良者需治療時間更長。在治療過程中由于孩子生長發育迅速，還應及時補充營養物質和多種維生素，如鈣片、鐵劑、維生素B、C、A、D等，尤其是B族維生素。有家族性酶缺陷引起的甲減還應補碘。先天性甲減的預后與開始治療的年齡密切相關。診斷愈早、治療愈早、預后愈好。如果在生后3個月治療者，74%的病例智商在90分以上。生后4～6個月治療者，33%智商在90分以上，但約15%患者可留下不可逆的腦損傷后遺癥，這可能與以下因素有關：如甲減的類型、發病的時間及持續的時間，尤其是在診斷時T4濃度及骨齡均以較低的宮內甲減兒。最關鍵的是無論何時發現甲減就應及時中藥治療。該病應早期確診，盡早治療，以減小對腦發育的損害。一旦診斷確立，應終身服用甲狀腺制劑，不能中斷，否則前功盡棄。飲食中應富含蛋白質、維生素及礦物質。