如果一個DNA分子上兩個特異位點之間發生重組，其后果有兩種可能性：兩個位點之間的節段或被丟失，或被顛倒。有些生物能夠利用這種重組倒置來控制基因的表達。因為DNA的一正一倒兩種排列法可以相應地表達兩種不同的蛋白質，細胞就可根據需要作出選擇。奇怪的是，利用這種機制所調節的蛋白質往往都位于生物的體表。例如噬菌體Mu的尾蛋白即由其可倒置的DNA節段gin所控制。最著名的例子是沙門氏菌（如鼠傷寒沙門氏菌，Salmonellatyphimurium）的鞭毛抗原。而錐蟲（trypanosomes）的表面抗原更是千變萬化，用以逃脫宿主免疫系統的攻擊，這也是通過一系列DNA重排達到的，其復雜程度有點類似于抗體基因的結構。沙門氏菌的位相是由于它的兩種鞭毛蛋白質H1和H2的交迭表達。在某一時期，菌體表達其中的一種，但從不兩種均表達。H2基因的啟動子位于此基因近旁的一個970bp長的DNA節段（稱為hin基因）上，在啟動子兩端各有一個14bp的反向重復序列（IRL和IRR）。當兩個反向位點之間進行重組交叉時，位點之間的節段將被顛倒。
這兩個14bp的反向重復即可用作為核心序列進行位點特異性重組。當此970bp節段朝向某一方向時，啟動子即在H2基因的旁邊，故H2基因即被轉錄。同時，鄰近一編碼阻抑蛋白的基因亦被轉錄，產生的阻抑蛋白可抑制遠方H1基因的表達。因而結果是H2表達而H1不表達。相反，如此970bp節段朝向另一方向，H2基因即不被表達，因為沒有了啟動子。但同時H1的阻抑蛋白也不再表達，故H1遂得以表達。這個hin基因編碼的蛋白質稱為Hin酶，此酶就是用以催化倒置（位點特異性重組）的。有人認為，當細胞的生長受到阻礙時，Hin酶的表達就會增高，以便更換一種新的表面抗原。
噬菌體Mu中的類似系統位于其基因組的右端，這個可倒置的G節段長約3kb，在不同的MuDNA中有不同的方向。當噬菌體生長在E.coliK12中的，感染是溶菌體的。此時G節段的方向稱為G（+）。在節段前方的gin基因對G節段的反向反應是必須的。在噬菌體P1中也有一個類似的cin基因，對其C節段的反向反應是必須的。G節段中的基因編碼噬菌體吸附在菌細胞表面上所必須的蛋白質。而G節段的方面控制著這些基因的表達。