1.醫源性創傷
包括食管擴張治療、麻醉插管、食管靜脈曲張硬化劑治療、內鏡檢查(包括胃鏡及十二指腸鏡)用力粗暴、內鏡下取異物以及手術時誤傷等，此外纖支鏡檢查以及插胃管也可能引起食管穿孔意外。食管擴張治療以氣囊擴張治療賁門失弛緩癥時容易發生食管穿孔，而內鏡引導下探條擴張治療器質性狹窄引起食管穿孔也非少見。
一般來說，賁門失弛緩癥在擴張時要達到治療目的則必須使氣囊內壓力能使部分肌層撕裂，從術者的直覺來講就是鏡下見有少量出血，但是其程度則往往不易掌握，如果并發有食管裂孔疝或膈上憩室者在擴張時較易發生穿孔；食管靜脈曲張硬化劑治療出現穿孔常危及生命，曲張血管內大量注射無水酒精以及乙氧硬化醇等硬化劑使食管穿孔的可能性大大增加，但血管內注射組織黏合劑一般并不會出現穿孔；內鏡下取異物特別是較大且銳利的異物較易引起穿孔；三腔二囊管壓迫止血引起的穿孔較多見，其與食管囊過度充氣及壓迫時間過長有關。
2.食物異物
常見的有魚骨、雞骨以及牙簽、金屬異物的誤吞，發生在食管生理性狹窄部位較多見。
3. 食管病變
食管化學性、物理性灼傷，食管癌，食管急性炎癥，食管癌慢性穿孔可能并發食管-支氣管瘺。