其他真菌感染主要發生于嚴重免疫功能低下者。這些感染包括新型隱球菌所致的隱球菌病；曲霉菌所致的曲霉病；念珠菌所致的念珠菌病；以及毛霉菌病。該四種疾病在全世界各個地區均可發生。隱球菌病為最常見的一種，可發生于健康人，但重癥隱球菌病僅見于原有免疫系統疾病如艾滋病的患者。隱球菌病可發生擴散，特別是到達腦膜，引起隱球菌性腦膜炎。曲霉菌可引起艾滋病患者和器官移植者發生肺部感染。肺部念珠菌病為一罕見的感染疾病，主要發生于白細胞減少的患者，如進行化療的白血病患者。毛霉菌病，一種相對罕見的真菌感染，最常發生于嚴重糖尿病或白血病患者。該四種真菌感染的治療均采用抗真菌藥物，如伊曲康唑、氟康唑和兩性霉素B。但是，患有艾滋病或其他免疫系統疾病的患者常不能康復。