膽管結石分為原發性和繼發性兩種。原發性膽管結石是指原發于膽管系統（包括肝內膽管）內的結石，結石的性質大多為含有多量膽紅素鈣的色素性混合結石，膽囊內一定存在結石。在我國，膽管結石多數屬于這一類。繼發性膽管結石是指膽囊內結石通過擴大的膽囊管進入膽總管而形成的結石，結石的形狀和性質多與膽囊內的結石相同，多數呈多面形的膽固醇混合結石。繼發于膽道感染的結石的外層帶有膽紅素鈣沉著。
肝內膽管結石是膽管結石的一種類型，是指左右肝管匯合部以上各分枝膽管內的結石。它可以單獨存在，也可以與肝外膽管結石并存。一般為膽紅素結石。肝內膽管結石常合并肝外膽管結石。肝內膽管結石不僅是常見病，更重要的是由此引起的嚴重并發癥，是良性膽道疾病死亡的重要原因。
肝內膽管結石該病的病因比較復雜，與肝內感染、膽汁淤滯、膽道蛔蟲等因素有關。肝內膽管結石可彌漫存在于肝內膽管系統，也可發生在某肝葉或肝段的膽管內，且左葉明顯多于右葉。在臨床上，肝內膽管結石患者的癥狀一般不很典型，在病程的間歇期多無癥狀，或僅表現為右上腹部輕度不適；在急性期則可出現急性化膿性膽管炎的癥狀（黃疸、畏寒、發熱等）。肝內膽管結石的診斷比較復雜，除根據患者的臨床表現外，還可通過Ｂ超和經皮肝穿刺膽管造影（ＰＴＣ）檢查，以顯示肝內膽管結石的分布和肝膽管的狹窄及擴張情況。此外，ＣＴ檢查對肝內膽管結石也有重要的診斷意義，特別是對于并發膽汁性肝硬化和癌變者。肝內膽管結石常并發膽管梗阻，容易誘發局部感染及繼發膽管狹窄，使結石難以自行排出，病情遷延不愈。