病因
病因尚不十分明確，通常認為系基因缺陷性，即常染色體隱性遺傳性疾病，由單基因或多基因異常突變所致。常染色體隱性遺傳只有致病基因在純合狀態下（rr）才發病，在雜合狀態（Rr）由于有正常的顯性基因R存在，所以致病基因r的作用不能表現出來。但這樣的個體雖不發病，卻能把致病基因r傳給后代，成為攜帶者。具有遺傳因素的后代，胰腺囊性纖維性變的發生概率高達25%，男女總概率相等。
發病機制
胰腺囊性纖維性變主要是胰腺外分泌功能障礙，引起的電解質紊亂、營養不良，以多個器官的分泌失調、黏液積聚和阻塞為特征的臨床綜合征， 所波及的器官較多， 表現的癥狀復雜，難以為簡單的機制所能概括。有認為系機體內的鈣離子運輸出現障礙， 大量的鈣離子積聚在細胞漿和線粒體內，并使細胞膜鈉泵功能失控，鈣離子回吸收下降。高濃度的胞漿內鈣離子將影響糖蛋白的轉錄，使其黏液糖蛋白模式發生改變，因而改變了外分泌腺分泌黏液的凝膠-溶膠狀態，致其黏稠度增高，繼發多器官(胰腺、肝膽、肺、小腸)的管道系統排泌障礙、堵塞。
1944年Farber報道胰腺分泌減少和胰酶(淀粉酶、 脂肪酶、 蛋白酶)缺乏，早期出現蛋白質和脂肪的消化與吸收障礙；并可使胎糞變成稠厚的膠樣物質，造成回腸被灰白色胎糞塊堵塞。約10%～15%胰腺囊性纖維性變的嬰兒可發生胎糞性腸梗阻。后者將可繼發腸扭轉、腸壞死、腸穿孔、胎糞性腹膜炎。
在肝膽系統由于膽汁黏稠和排泌異常，出現膽汁性肝硬化和膽結石 因而繼發門靜脈高壓癥、脾大、脾功能亢進 腹水、 黃疸、上消化道出血等。
由于支氣管內黏液黏稠，黏液的構成和物理化學異常 ，液不易排出，產生支氣管梗阻、支氣管炎、 支氣管周圍炎、阻塞性肺氣腫、支氣管擴張、 肺功能不全，直至肺源性心臟病等一系列胰腺囊性纖維性變的呼吸系統病變
電解質紊亂除消化不良因素之外，病人汗腺分泌過量的氯化物及鈉，致使機體丟失較多的鹽類，為引起電解質紊亂的重要原因之一。據報道胰腺囊性纖維性變病人汗腺的氯化物及鈉的濃度比常人高2～5倍 其濃度為氯化物50～160mEq/L(正常平均27mEq/L)；鈉為80～190mEq/L(正常平均52mEq/L)。汗腺內氯化物及鈉濃度增高的機制尚不清楚。