質譜儀是利用電磁學原理，是試樣分子轉變成代正電荷的氣體離子，并按離子的荷質比將它們分開，同時記錄和顯示這些離子的相對強度。硬電離源有足夠的能量碰撞分子，使它們處在較高的激發能態。其弛豫過程包括硬電離源鍵的斷裂并產生荷質比小于分子離子的碎片離子。由硬電離源所獲得的質譜圖，通常可以提供被分析物質所含功能基的類型和結構信息。軟電離源由軟電離源軟電離源所獲得的質譜圖中，分子離子峰的強度很大，碎片離子峰較少且強度較低，但提供的質譜數據可以得到精確的分子質量。
