生物進化過程中 DNA的質也在發生變化。用分子雜交方法可以分析各種生物的DNA的相似程度（表2）。
對于某一類生物來講，例如在靈長類動物和細菌等生物中都可以用同樣的方法來測定它們的親緣關系（圖1）。
進化中的保守性 分子雜交測定的結果只能說明兩種生物的DNA的相同或不同程度，通過DNA順序分析才能知道它們怎樣相同或不同。對于大腸桿菌和λ噬菌體等的46個啟動區進行核苷酸順序分析，發現在每一個基因的mRNA轉錄位置前面相隔10個堿基對的地方有一個稱為普里布諾順序的保守區，它包括核苷酸順序TATAATG。這里面特別是從左面開始第1、第 2和第6這幾個堿基如果變為G或C就會導致轉錄效率下降，尤其是第6位上的T，在46個例子中從沒有發現過例外。在高等生物中存在著的類似保守區稱為霍格內斯順序。
在 5個腸道桿菌科（Enterobacteriaceae）細菌中曾經分析了它們的染色體DNA復制起點的245個核苷酸的順序，發現它們的相同的順序可以多達85%，同樣說明這一順序具有很強的保守性。
這一類保守區的存在說明這些結構對于各自的功能是十分重要的，因而在生物進化過程中不容輕易改變。至于個別基因或染色體片段的位置改變則在進化過程中可以發生而保存下來。個別核苷酸的改變同樣可以發生而保存下來，這些變化可以清楚地反映在各種近緣生物的染色體和遺傳學圖的比較研究中，也可以反映在蛋白質的比較研究中。
