1.控制傳染源：健全疫情報告，根治瘧疾現癥患者及帶瘧原蟲者。
2.切斷傳播途徑：主要是消滅按蚊，防止被按蚊叮咬。清除按蚊幼蟲孳生場所及使用殺蟲藥物。個人防護可應用驅避劑或蚊帳等，避免被蚊蟲叮咬。
3.提高人群抗病力：瘧疾疫苗接種有可能降低本病的發病率和病死率，但由于瘧原蟲抗原的多樣性，給疫苗研制帶來較大困難。研制的主要是子孢子蛋白和基因疫苗，尚未能供現場應用。
瘧疾疫苗、艾滋病疫苗與結核病疫苗已成為全球優先發展的三大疫苗。我國自主研制的重組瘧疾疫苗已獲得國家藥品監督局及世界衛生組織的批準，進入臨床試驗。
化學藥物預防是較常應用的措施。對高瘧區的健康人群及外來人群可酌情選用。常用氯喹，口服0.3g/次，1次/周。在耐氯喹瘧疾流行區，可用甲氟喹0.25g/次，1次/周。亦可選用乙胺嘧啶25mg/次，或多西環素0.2g/次，1次/周。
提富樂喹(tafenoquine)是一種8-氨喹類抗瘧藥，曾在加納用安慰劑對G6PD正常的人和非妊娠婦女做過預防惡性瘧的隨機、雙盲研究，結果顯示在用藥的13周內，每周口服25mg組的預防效果為32%，50mg組為84%，100mg組為87%，200mg組為86%，不良反應少而輕，認為是一種較好的惡性瘧預防用藥。
正廣泛用于臨床病例治療的青蒿琥酯不宜用作瘧疾預防藥物，以免瘧原蟲對它產生耐藥性，從而縮短其臨床應用周期。