新型隱球菌屬酵母菌，在腦脊液、痰液和表早組織中呈圓形或板圓形，直徑約5—20μm，四周包括肥厚的膠質樣夾膜。該菌以芽生方式繁殖，不生成假菌絲，芽生孢子成熟后脫落成獨立個體。新型隱菌廣泛分布于自然界，存在土壤、干鴿糞、水果、蔬菜、正常人皮膚和糞便中。在干燥鴿糞中可以生存達數年之久，是人的主要傳染源。一般認為該菌可經呼吸道或皮膚黏膜破損處侵入人體，血行播散至腦、骨骼和皮膚。有80％病例中樞神經系統受損，可能隱球菌從鼻腔沿嗅神經及淋巴管傳至腦膜所致。正常人血清中存在可溶性抗隱球菌因子，而腦脊液中缺乏，故利于隱球菌生長繁殖。
本病常繼發于白血病、淋巴瘤、組織細胞增生癥X、胰島素依賴型糖尿病、免疫缺陷病和接受糖皮質激素或免疫抑制劑治療的患者，部分原發患者可無明顯誘因，近年，隨艾滋病發病率的迅速增高，本病的發生率也相應增高。