近年來，隨著立克次氏體分子生物學（16srRNA序列、DNA-DNA雜交、全DNA或基因片段、質粒等）研究的進展，舊的立克次體分類已不能完全反映立克次目中所有種屬的全貌，應運而生的是根據遺傳物質對立克次體進行新的分類。16srRNA序列的分析顯示，立克次體可分為兩個亞群，α亞群包括立克次體（Rickettsia）、埃立克體（Ehrlichia）、埃菲比體（Afibia）、考德里體（Cowdria）和巴通體（Bartonella）；γ亞群包括柯克斯體（Coxiella）和沃巴哈體（Wolbachia）。現并已發現很多新的種屬如日本立克次體（Rickettsiajaponica）、查菲埃立克體（EhrlichiaChaffeensis）、腺熱埃立克次體（EhrlichaSennetsu）、漢賽巴通體（Bartonellahenselae）等。羅卡利馬體（Rochalimaea）的名稱已為巴通體所取代，故戰壕熱的病原體也應改稱為五日熱巴通體（Bartonellaquintana）。新的立克次氏體（與人類感染有關）