1976年，美國國家衛生研究院制定并公布了“重組DNA研究準則”，其目的就是為了保證基因工程的安全性。該準則除了規定禁止若干類型的重組DNA 實驗以外，還就實驗安全防護等制訂了若干具體規定。將實驗室的物理防護分為P1—P4 四個等級，生物防護分為EK1—EK3 三個等級。為了申請ZL或爭奪市場等原因，各生物工程公司、機構，不但未執行以上的準則，還在基因工程的技術安全性未被完全解決的情況下加速基因工程的推廣。到2006年，美國農產品的年產量中55% 的大豆，45%的棉花，40%的玉米已逐步轉化為通過基因改制方式生產。而由于大面積推廣基因工程作物而導致轉基因污染已是不爭的事實。
2002年2月，英國政府環境顧問“英國自然”提交的一份報告中，特意描述了加拿大轉基因油菜超級雜草的威脅。到2006年，加拿大的農田里，同時擁有抗3種以上除草劑的雜草化轉基因油菜非常普遍。這是由對不同除草劑具有抗性的轉基因油菜植株之間交叉授粉實現的。而這種超級雜草的出現，距離加拿大首次種植轉基因油菜的時間間隔只有2年。此外，在加拿大，轉基因作物的基因還通過授粉的方式，漂流到了不含轉基因農作物的農田和附近的野生植物當中。被污染的野生植物從轉基因中獲得了新的性狀如耐寒、抗病、速長、抗除草劑等，因此具有更強的生命力。
轉基因動物也具有危險性，如轉基因魚類和轉基因無脊椎動物，都具有極強的繁殖能力或能向外界釋放大量的生殖配子，在模擬系統的研究中，美國學者已證明，基因工程魚的轉基因成份能擴散到野生同類的種群中。除了直接后果外，因食物鏈引起的間接危險也不容忽視。基因工程Bt毒蛋白，能大規模地消滅害蟲，但殺蟲過程無法控制，這就可能造成以這些害蟲為食的天敵(如昆蟲和鳥類) 數量急劇下降。在蘇格蘭進行的一項研究發現，一種蚜蟲吸收基因工程作物含Bt毒素的液汁，然后又被一種有益昆蟲——甲蟲捕食，Bt毒蛋白轉移到甲蟲身上，影響甲蟲的繁殖。來自加拿大的研究報道，基因工程Bt作物還能毒殺另一種害蟲大敵——膜翅類昆蟲。在美國，科學家發現基因工程Bt 玉米花粉能毒殺一種非目標昆蟲——洲大皇蝶。現代農業生態系統的新概念并非是消滅害蟲，而是將其控制在不構成災害的水平，但像Bt蛋白通過食物鏈的轉移，對農業生態系統平衡的維持和實施傳統的生物防治是一種嚴重的干擾，有可能打破自然界的生態平衡。