1.顱內壓增高
腫瘤突向三腦室后部或向前下發展使導水管狹窄及閉鎖，可早期引起梗阻性腦積水致使顱內壓增高。
2.臨近腦受壓癥狀
腫瘤壓迫四疊體上丘可出現雙眼上視困難、瞳孔散大或不等大，光反射消失；腫瘤生長壓迫下丘及內側膝狀體可出現耳鳴或聽力下降；腫瘤向下發展壓迫小腦上腳或上蚓部可出現軀干性共濟失調及眼球震顫；腫瘤直接侵犯或沿腦室播散轉移至丘腦下部可導致尿崩、嗜睡等下丘腦受損癥狀。
3.內分泌癥狀
腫瘤壓迫正常的松果體細胞使褪黑激素分泌減少，去除了褪黑激素對性腺激素分泌的抑制，可導致性早熟，也有少數表現為性征發育停滯。
4.其他癥狀
部分患兒可出現癲癇發作，雙側錐體束受壓的癥狀。椎管內轉移生殖細胞瘤可因腫瘤細胞脫落發生椎管內轉移，出現脊髓受損的表現。