許多腫瘤需與脈絡叢腫瘤相鑒別。 絨毛肥大為兩個側腦室的脈絡叢彌漫增大，組織學形態正常，患者常出現高分泌性腦積水。 脈絡叢癌與轉移癌的鑒別非常重要。脈絡叢腫瘤共同表達波形蛋白、角蛋白和s 一100 蛋，有助于與其他轉移癌相鑒別。另外}IEAl25和Bm'EP4 也有幫助，因為它們標記 95%的腦轉移癌，而脈絡叢乳頭狀瘤和脈絡叢癌僅10%陽性。甲狀腺運載蛋白與甲狀腺素和維生素A 的轉化有關，是正常和腫瘤性脈絡叢上皮的標記物。但是約20%的脈絡叢乳頭狀瘤陰性，而其他腦腫瘤和轉移癌可以陽性。最近報道，正常脈絡叢、脈絡叢乳頭狀瘤和脈絡叢癌突觸素強陽性，但這一發現沒有被其他人證實。一項研究顯示，胰島素樣生長因子II（IGFⅡ）可以在脈絡叢乳頭狀瘤表達，但其他腦腫瘤陰性。由于先前的研究顯示IGFll 可以在星形細胞瘤、腦膜瘤和癌中表達，所以IGF lJ 是否具有鑒別診斷意義還待證實。癌胚抗原（CEA）陽性提示轉移癌，雖然偶爾脈絡叢癌也陽性。非上皮性的問葉性腫瘤也可起源于脈絡叢，包括腦膜瘤。