腸道阿米巴病主要由于食入被包囊污染的食物和水而引起。包囊囊壁具有抗胃酸作用，能安全地通過胃而到達結腸的回盲部，在腸液的消化作用下脫囊而出，發育成為小滋養體。小滋養體直徑約為3～12μm，以二分裂方式繁殖，吞噬腸內容物和細菌為營養，不能吞噬紅細胞。
在結腸功能正常時，橫結腸以下的腸段內，因水分吸收，營養物減少和糞便增加，小滋養體停止活動，遂進入包囊前期，繼而產生囊壁形成包囊，最后隨糞便排出，故小滋養體也稱為腸腔內型或共棲成囊型滋養體。
大多數感染者為無癥狀的包囊攜帶者，是本病的重要傳染源。溶組織阿米巴有共棲特點和潛在致病力，是否致病取決于蟲體和宿主間的相互作用。蟲株的毒力和侵襲力強，宿主局部腸功能紊亂、細菌感染、粘膜損傷或全身因營養不良、感染和免疫功能低下時，小滋養體便侵襲組織，發生致病作用。
小滋養體粘附于結腸上皮，憑借其偽足的機械運動及其酶的溶解性破壞作用侵入腸壁，遂轉變為大滋養體并大量增殖，造成局部腸粘膜溶解壞死和潰瘍形成。大滋養體直徑多為20～30μm，能活躍地吞噬紅細胞和組織碎片，為致病型也稱組織型滋養體。大滋養體可隨壞死組織進入腸腔，排出體外后死亡，或在腸腔中轉變為小滋養體，再形成包囊。