普通型起病一般緩慢，有腹部不適，大便稀薄，有時腹瀉，每日數次，有時亦可便秘。腹瀉時大便略有膿血痢疾樣。如病變發展，痢疾樣大便可增至每日10～15次或以上，伴有里急后重，腹痛加劇和腹脹。回盲腸、橫結腸，尤其是直腸部可有壓痛，有時象潰瘍病或闌尾炎。全身癥狀一般較輕微，同細菌性痢疾迥然不同。糞檢可有少量或多量滋養體，大便有腐敗腥臭。
阿米巴肝膿腫癥狀的出現，約在腸阿米巴數月、數年，甚至十數年之后，亦有從未患過腸阿米巴病的。起病大多緩漸，以長期不規則發熱與夜間盜汗等消耗性癥狀為主，在發病前一周至數年間可有類似痢疾樣發作史。實驗室檢查疾病早期白細胞總數有顯著增加，在15，000～35，000之間，中性粒細胞可超出80%。糞便內如能找到滋養體或包囊，對診斷有助。通過診斷性穿刺，如能抽出典型巧克力樣膿液并在其中找到夏一雷結晶及組織殘余，診斷即可確立，如再能檢得阿米巴滋養體，診斷更為確切。