應與其他原因引起的腸道疾病相鑒別,尤其是細菌性痢疾,尚有腸結核、血吸蟲病、結腸炎、結腸癌及其他腸道原蟲感染亦可與腸阿米巴病混淆。潰瘍病、膽囊病、結腸息肉等須與有不明確腹痛及腸出血者區別。綜合運用以上診斷方法,鑒別不難。