實驗室檢驗：由于隱球菌為真菌，可用相差顯微法尋找病原體。
1、病原體檢查
①墨汁染色法：是迅速、簡便、可靠的方法，根據受損部位不同取所需檢查的新鮮標本，如腦脊液、痰液、病灶組織或滲液等，置于玻片上，加墨汁1滴，覆以蓋玻片，在顯微鏡暗視野下找隱球菌，可見圓形菌體，外軸有一圈透明的肥厚莢膜，內有反光孢子，但無菌絲。反復多次查找陽性率高，腦脊液應離心后取沉淀涂片。
②真菌培養：取標本少許置于沙氏培養基中，在室溫或37℃培養3—4天可見菌落長出。
2、血清學檢查
由于病人血清中可測到的抗體不多，因此檢測抗體陽性率不高，特異性不強，僅作輔導診斷。通常檢測新型隱球菌莢膜多糖體抗原，以乳膠凝集試驗靈感而特異，且有估計預后和療效的作用。
3、系統性用藥治療原發病
（1）氟康唑：治療中樞神經系統隱球菌病的首選藥物。首劑400mg/日，以后視病情200～400mg/日靜點，一般需用藥6～8周以上。
（2）伊曲康唑：200～400mg/日口服。2個月以上。
（3）二性霉素B：過去一直為該病的首選藥物。用量為每日0.1~1mg/kg，從0.1mg/kg/日開始，漸遞增至0.6~1mg/kg/日，總量可達1.5~3g，每日增加2.5~5mg，兒童每日增加1～2。療程為2～4個月。本藥還可用于鞘內注射。肺部病變可用0.125%的溶液霧化吸入。
（4）5－FC：常與二性霉素B或咪唑類聯合用藥。每日50～150mg/kg，分3～4口服次。一般對癥治療：如降低顱內壓，減輕顱內水腫，糾正電解質紊亂等。加強支持療法。