利用細菌的生物特性，特別是Hp水解尿素的能力而產生呼氣試驗，尿素酶試驗。血清學因不能提供細菌當前是否存在的依據，故不能用于感染的診斷，主要用于篩選或流行病學調查。對臨床醫師來說根據醫院的條件選擇合適的方法用于病人是重要的，主要采用聯合方法診斷。
（1）快速尿素酶試驗：因Hp是人胃內惟一能夠產生大量尿素酶的細菌，故可通過檢測尿素酶來診斷Hp感染尿素酶分解胃內的尿素生成氨和二氧化碳，使尿素濃度降低，氨濃度升高。基于此原理，已發展了多種檢測方法。
胃黏膜活檢組織快速尿素酶試驗為臨床應用最廣泛的一種方法，具有簡便、實用快速靈敏等優點但受細菌數量影響，活檢組織中Hp數量很少時，易出現假陰性；在使用鉍劑氨芐西林甚至H2受體拮抗藥治療后尿素酶試驗的敏感性明顯降低，故此方法主要用于最初檢測Hp感染。所用的方法有如下兩種。
①pH指示劑法：試劑中含有尿素和pH指示劑（如酚紅pH 6.8時為黃棕色pH 8.4時為粉紅色）。從胃內取出的標本通常呈酸性（pH＜6.0），一般情況下試劑的顏色不變，如果胃內有Hp感染，當黏膜標本放入試劑中，Hp所產生的尿素酶則分解尿素產生氨使pH值升高，試劑變為粉紅色。
②分析化學法：采用分析化學原理檢測Hp尿素酶的最終產物由于陽性顯色反應不是取決于試劑中pH改變，可以避免一些影響pH的因素所致的假陰性。福建三強生化有限公司生產的CPUT試劑盒屬于這種方法，可半定量指示Hp感染的程度。
（2）呼氣試驗：用核素標記尿素，口服后測定呼氣中標記的CO2量，能間接反映尿素酶的量，屬非侵入性檢查。呼氣試驗具有快速、可靠、安全無痛苦的優點，適合大規模流行病學調查表明是否有Hp感染，而不是曾否有過感染，因此優于血清學檢查有研究發現服用膠態次枸櫞酸鉍劑2h后即可見14CO2量明顯降低，因此用于療效觀察是一種較敏感的指標，也是隨訪的一種理想方法呼氣試驗根據標記物的不同，分為13C-尿素呼氣試驗(breath test)和14C-尿素呼氣試驗
（3）13C-尿素呼氣試驗：受試者口服13C-尿素5mg/kg，隨后每10min收集一次呼氣標本，連續3h。如果胃內有Hp感染，口服的13C-尿素溶液在尿素酶的作用下分解成13CO2經胃腸道吸收后呼出。收集的氣體標本用質譜儀分析，計算13CO2含量。有Hp感染者在口服試液后20min即出現13CO2升高，在100min內持續升高，而無Hp感染者無13CO2呼出13C為穩定性核素，無放射性，可反復檢查。但13CO2測定較為復雜，需用質譜儀，費用昂貴，多數醫院尚不能開展
（4）14C-尿素呼氣試驗：為了克服13C-尿素呼氣試驗操作復雜、費用昂貴的缺點用14C-尿素取代13C-尿素，得到同樣滿意的效果。檢測14C用液體閃爍計數器即可，因而更為實用。其缺點是14C有一定的放射性，不適合于孕婦及兒童。
影響呼氣試驗精確性因素：假陰性結果最常見原因是用抗生素、鉍劑或奧美拉唑不久后做的呼氣試驗（一般要求在治療結束后至少1個月再進行）；其次是尿素從胃排空過快或樣本收集太遲。假陽性結果為體內存在或口腔內存在有尿素酶活性的細菌。
但呼氣試驗僅能提供Hp存在的信息，而不能區分消化道疾病，無法代替胃鏡檢查，不能作為有上消化道癥狀兒童的最初評價方法。
（5）血清學檢查：Hp的血清學診斷是非侵襲和間接的方法主要用于流行病學或篩選，不能單純作為Hp感染最初的診斷工具，除非和其他方法聯合應用。血清學檢查的基礎是Hp具有誘導機體局部和全身產生免疫反應的能力，用細菌凝集、補體結合和ELISA三種方法能檢測到Hp抗體，ELISA由于操作簡單，診斷快速，價格便宜和敏感性高等因素，故臨床應用較多。