引起此征的病因有：
1）感染性：有病毒性感染，如巨細胞病毒（cmv）、肝炎病毒、eb病毒、風疹病毒、腸道病毒、皰疹病毒、腺病毒、黃熱病毒等。也有各種細菌感染及弓形體感染。
2）先天性代謝異常性疾病：如肝豆狀核變性、半乳糖血癥、果糖不耐受性、α1抗胰蛋白酶缺乏癥等。
3）肝內或肝外膽道異常：如先天性膽道閉鎖。
目前引起嬰兒肝炎綜合征的主要病原為乙肝病毒的巨細胞病毒，有的不同地域的報告中細菌感染也占相當的比例。巨細胞病毒感染在南京市第二醫院肝病婦產科住院的產婦與新生兒中檢出率較高。引起此征發生多為隱匿起病，如急性起病者伴有第二種感染性疾病，如無血清學證明，很可能誤診為感染中毒性肝炎。另外巨細胞病毒性肝炎與膽道畸形有關。
