臨床表現的輕重與膿腫的位置和大小及有否感染等有關。起病大多緩慢，發熱呈間歇型或弛張型，熱退而盛汗，食欲減退、惡心嘔吐、腹脹腹瀉及突出的肝區疼痛癥狀。當膿腫向肝頂部發展時，刺激有側隔肌，疼痛向右肩反射。如壓迫右肺下部可有有側反應性胸膜炎或胸腔積液。膿腫位于右肝下部可出現右上腹痛或腰痛，部分患者右下胸部或上腹部飽滿或捫及腫塊，肝區呈叩壓痛。膿腫位于右肝中央時癥狀不明顯，待膿腫增大時才出現肝區下垂樣疼痛。位于肝后面的膿腫常無疼痛，直至穿破后腹壁向下蔓延至腎周圍才出現類似腎周圍膿腫癥狀。左葉肝膿腫，疼痛出現早，類似潰瘍病穿孔樣表現或右劍圖下肝腫大或中、左上腹部包塊，易向心包腔和腹腔穿破。淺表部位肝膿腫可向腹腔穿破引起腹膜炎。