由于UC缺乏特異性的診斷標準，CD又難以獲得可確定診斷的病理組織學的結果——非干酪樣肉芽腫，目前對于IBD的診斷還是比較困難的。
潰瘍性結腸炎的診斷和鑒別診斷 潰瘍性結腸炎為局限于結腸黏膜的慢性彌漫性炎癥，從直腸開始向近段蔓延呈連續性、對稱性分布，病變為炎癥和潰瘍。
臨床表現以血性腹瀉為特點，發作與緩解交替，腹瀉也可表現為黏液便，可伴腹痛、里急后重、嘔吐、厭食。常有明顯的生長遲緩、貧血、發熱、低蛋白血癥等全身表現以及關節炎、虹膜睫狀體炎、肝脾腫大等胃腸道外表現。
結腸鏡檢查和黏膜活體組織學檢查是診斷的關鍵。病變從直腸開始，呈彌漫性分布，結腸鏡下表現為；黏膜血管紋理模糊、紊亂，充血、水腫、易脆、出血、及膿性分泌物附著；病變明顯處尚可見到彌漫的多數性糜爛、潰瘍；慢性病變者可見結腸袋變淺，假息肉形成及黏膜橋形成。組織學上所見隨病變活動與緩解而有不同。UC病變主要累及黏膜和黏膜下，黏膜固有肌層僅在暴發性UC時受累。活動期上皮和隱窩急性炎癥細胞浸潤，尤其上皮細胞中性粒細胞浸潤、隱窩炎，隱窩膿腫形成；慢性期有隱窩結構改變，早期隱窩上皮增生，后期隱窩大小形態不規則，極向不正常，腺體排列紊亂，扭曲分叉，黏液分泌減少，胞漿嗜堿性改變，固有膜慢性炎癥細胞浸潤。如發現炎癥活動性與慢性化綜合表現診斷價值更大。
