本病尚無特效療法，對癥支持治療。
1.糾正酸中毒
由于兒童HCO3-缺失較成人多，故兒童腎小管酸中毒所需的堿性藥物劑量較大，一般病例每公斤體重每日需5～15mmol。臨床上常使用復方枸櫞酸合劑糾正酸中毒。
2.鉀鹽補充
近端腎小管由于NaHCO3的大量丟失，結果是NaCl重吸收增加，代替丟失的NaHCO3而產生高氯血癥酸中毒。腎小管酸中毒除高氯性酸中毒外，由于遠端腎小管腎單位氫離子（H+）排泌障礙，H+和鈉離子（Na+）交換減少，競爭性的鉀離子（K+）和Na+交換增加，致使排鉀過多，造成低鉀血癥；因此鉀的補充十分重要，當有明顯低鉀血癥時，應先補鉀鹽再糾正酸中毒。常用含有鉀鹽的枸櫞酸鹽合劑。治療過程中根據病情及血鉀濃度調整用量。
3.鈣制劑應用
慢性酸中毒可導致尿鈣排出增加，妨礙25（OH）2D3轉變為1-25（OH）2D3，此外，有些患者胃酸缺乏，影響腸道對鈣的吸收，使血鈣偏低。低血鈣可引起繼發性甲狀旁腺功能亢進，增加磷廓清率，血中磷酸鹽與鈣離子降低則使骨質不能礦化，導致佝僂病；在糾正酸中毒過程中也可出現低鈣血癥，甚至驚厥。均需要補充鈣劑。嚴重低鈣血癥可靜脈滴入10%葡萄糖酸鈣，一般情況下口服鈣劑治療。
4.維生素D治療
慢性酸中毒會影響維生素D及鈣代謝，特別在腎小管酸中毒并有明顯佝僂病時需補充維生素D。它可促進胃腸黏膜和腎小管對鈣的吸收，提高血鈣濃度，有利于骨的礦化。因此可選用維生素D制劑進行治療。
5.利尿劑
對Ⅰ、Ⅲ型患兒可減少腎臟鈣鹽沉積；對重癥Ⅱ型病例需同時大量使用碳酸氫鹽，不僅可以提高碳酸氫鹽的腎閾，減少尿中丟失，還可以減少堿性藥物的用量；對Ⅳ型腎小管酸中毒同時使用利尿劑有助于糾正酸中毒和降低血鉀濃度。
