尚未完全明確。認為主要與咽鼓管功能障礙、感染和免疫反應等有關。
1、咽鼓管功能障礙一般認為此為本病的基本病因。
（1）機械性阻塞：如小兒腺樣體肥大、肥厚性鼻炎、鼻咽部腫瘤或淋巴組織增生、長期的鼻咽部填塞等均可直接堵塞咽鼓管咽口，影響咽鼓管咽口的開放。
（2）功能障礙：即咽鼓管開閉的肌肉收縮無力；咽鼓管軟骨彈性較差，當鼓室處于負壓狀態時，咽鼓管軟骨段的管壁容易發生塌陷，兒童咽鼓管短而寬，近于水平位，因此鼻咽部的感染易擴散至中耳，此為小兒分泌性中耳炎發病率高的解剖生理學基礎之一。腭裂病人由于肌肉無中線附著點，失去收縮功能，故易患本病。
2、急性中耳炎時抗生素使用不當，如劑量不足，療程不夠，或細菌對藥物有抗藥性等，使炎癥遷延不愈。
3、感染：過去曾認為分泌性中耳炎是無菌性炎癥。近年來的研究發現中耳積液中細菌培養陽性者約為1/2-1/3，其中主要致病菌為流感嗜血桿菌和肺炎鏈球菌。
4、免疫反應：小兒免疫系統尚未完全發育成熟，這可能也是小兒分泌性中耳炎發病率較高的原因之一。
5、其他：分泌性中耳炎在患感冒或其它上呼吸道感染的兒童中很常見；平臥位喂奶、接觸其他患上呼吸道感染的孩子、被動吸煙等因素都可以增加兒童患分泌性中耳炎的可能。
