正確選擇抗菌素是治療支原體肺炎成敗的關鍵。由于支原體躲在細胞內，而青霉素類及頭孢霉素類藥物在細胞內濃度很低，加之這兩種抗菌素是通過破壞細菌的細胞壁殺滅細菌的，而支原體沒有細胞壁，使得以上兩種抗菌素“無能為力”。臨床應用證實紅霉素在細胞內濃度很高，可以殺滅支原體，但是紅霉素副作用較大，近年已用阿奇霉素代替，后者作用時間長，每天只需服用一次，副作用相對較少。一般需服用2～3周藥物，否則容易復發。
