寇熱柯克斯體由不同傳播途徑感染進入人體后，先在局部網狀內皮細胞內繁殖，之后侵入血循環，形成立克次體血癥，播散到全身各個器官和組織，主要造成全身小血管肺臟肝臟和腎臟等組織臟器病變。
寇熱立克次體在人體內潛伏可達10年或更長時間，血管病變主要有內皮細胞腫脹，嚴重時可有血栓形成。肺部病變可見肺泡充滿淋巴細胞，單核細胞組織，細胞和纖維蛋白滲出物，肺泡間隔增厚，肺間質水腫嚴重者類似大葉性肺炎，肝臟出現具有脂肪的壞死肉芽腫，心臟可出現心肌炎，心內膜炎或心包炎。心瓣膜可有贅生物形成，甚至導致主動脈竇破裂或心瓣膜穿孔，此外腎臟脾臟和睪丸亦可發生病變，病變器官含有大量寇熱立克次體。
