是指食管和胃連接處一個復雜的解剖區域，包括食管下括約肌（LES）、膈肌腳、膈食管韌帶、食管與胃底間的銳角（His角）等，上述各部分的結構和功能上的缺陷均可造成胃食管反流，其中最主要的是LES的功能狀態。
（一）LES和LES壓LES是指食管末端約3－4cm長的環形肌束。正常人休息時LES壓為10－30mmHg，為一高壓帶，防止胃內容物反流食管。LES部位的結構首先破壞時可使LES壓下降，如賁門失馳緩癥手術后易并發反流性食管炎。一些因素可影響LES壓降低，如某些激素（如膽囊收縮素、胰生糖素、血管活性腸肽等）、食物（如高脂肪、巧克力等）、藥物（如鈣通道阻滯劑、地西泮）等。腹內壓增高（如妊娠、腹水、嘔吐、負重勞動等）及內壓增高（如胃擴張、胃排空延遲等） 均可影響LES壓相應降低和導致胃試管反流。
（二）一過性LES松弛（TLESR）正常情況下當吞咽時，LES即松弛，事物得以進入胃內。TLESR與吞咽時引起的LES松弛不同，它無現行的吞咽動作和食管蠕動的刺激，松弛時間更長，LES壓的下降速率更快、LES的最低壓力更低。正常人雖也有TLESR無，但較少，而胃食管反流病患者TLESR較頻繁。目前認為TLESR是引起胃食管反流的主要原因。
（三）列孔疝 可加重反流并降低食管對酸的清除，可導致胃食管反流。
