本病病因迄今未明。患者無肺部慢性感染史、過敏史或職業史。推想其可能為全身代謝性疾病的肺部表現，但密切相關的鈣、磷指標在血液檢查時均正常。是否是因病毒感染引起肺泡局部鈣、磷代謝異常，但肺組織中從未分離出相關病毒。Sosman 1957年開始注意到PAM的病因與遺傳有關。國外報道一組25例，發生于5個家庭；國內報道1組27例，發生于10個家庭。均為同胞兄弟姐妹。目前國外報道的患者中，家族性占43.7%～62.3%；國內綜合報道48例，有家族性34例，占70.8%。其中有的系近親結婚。
1967年，Oneill研究本病家族親緣關系時，提出從家系圖上看此病可能為常染色體隱性遺傳。推理本病由于肺泡內呼吸代謝先天性障礙，碳酸酐酶異常，pH升高，有利于肺內鈣、磷鹽的沉積而形成結石。但此結論尚無更多的根據。根據分子遺傳學的理論，生物的性狀與生物的新陳代謝息息相關。任何代謝過程都是生化過程。生物的遺傳特性決定于染色體DNA鏈上核苷酸的排列順序。
本病肺泡內產生廣泛性鈣、磷小體沉積，可能因某一組生化調控基因“失控”所致。如果遺傳基因或密碼發生微小錯誤，帶病的突變基因就可通過近親的配子的親代傳給子代。本病可能是先天性肺內鈣、磷代謝異常性疾病。